এমপি থাকা অবস্থায় জামায়াতে ইসলামী থেকে বিএনপিতে যোগ দিয়ে জাতীয় রাজনীতিতে ঝড় তুলেছিলেন তিনি। এরপর বিএনপি থেকে বহিষ্কৃত হয়ে যোগদেন এলডিপিতে। পরে জাতীয় পার্টিতে যোগ দিয়ে দলটির প্রেসিডিয়াম সদস্যও হন। কিন্তু এতো কিছু করেও শেষ রক্ষা হলো না রাজাকার কমান্ডার সাখাওয়াত হোসেনের।
রোববার সাখাওয়াতসহ ১২ রাজাকারের বিরুদ্ধে মানবতাবিরোধী অপরাধের প্রতিবেদন চূড়ান্ত করেছে তদন্ত সংস্থা। তাদের বিরুদ্ধে হত্যা নির্যাতন ও ধর্ষনের ৫ অভিযোগ আনা হয়েছে।
তদন্ত প্রতিবেদনে উঠে এসেছে এই রাজাকার কমান্ডার ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্র থাকার সময়েই মতিঝিল আইডয়াল হাই স্কুলের সহকারী শিক্ষক হিসেবে যোগ দেয়। ১৯৮০ সালের শেষ দিকে নৈতিক স্খলনের অভিযোগে তাকে ওই স্কুল থেকে বরখাস্ত করা হয়।
১৯৯১ সালের নির্বাচনে জামায়াতের এই নেতা প্রথমবারের মত জাতীয় সংসদের সদস্য হিসেবে নির্বাচিত হয়। ১৯৯৫ সালে সে বিএনপিতে যোগ দেয়।
তদন্তে আরো দেখা যায়, ২০০১ সালের পহেলা অক্টোবরের নির্বাচনে স্বতন্ত্র প্রার্থী হিসেবে নির্বাচন করে সে। স্বতন্ত্রভাবে নির্বাচনের কারণে দলীয় সিদ্ধান্ত ভঙ্গে অভিযোগে বিএনপি তাকে দল থেকে বহিষ্কার করে।
এরপর রাজাকার সাখাওয়াত হোসেন ২০০৭ সালে যোগদেন মুক্তিযোদ্ধা অলির এলডিপিতে। এর বছরখানেক পর আবারো দল বদল করে জাতীয় পার্টিতে যোগ দেয় সে। বর্তমানে তিনি জাতীয় পার্টির সর্বোচ্চ নীতি নির্ধারণী ফোরামের প্রেসিডিয়াম সদস্য।
মানবতাবিরোধী অপরাধের অভিযোগে যশোরের কেশবপুরের রাজাকার কমান্ডার মোহাম্মদ সাখাওয়াত হোসেনকে গ্রেফতার করা হয় ২০১৪ সালের ১৯ ডিসেম্বর।